Осмотрев в апреле 1783 года бухту у посёлка Ахтиар, расположенную неподалеку от развалин древнего города Херсонеса-Таврического, Берсенев рекомендовал её в качестве базы для кораблей будущего Черноморского флота.
Датой основания современного Севастополя считается 3 (14 июня) 1783 года. В этот день под руководством контр-адмирала Фомы Фомича Мекензи были заложены первые четыре каменные постройки Севастополя: дом командующего Севастопольской эскадрой Томаса Меккензи (Фомы Фомича), часовня, кузница в Адмиралтействе и пристань, названная впоследствии Графской. Основателем города явился контр-адмирал шотландского происхождения Фома Фомич Мекензи.
Но ещё пятью годами ранее решением Александра Суворова на берегах Севастопольской бухты были построены первые земляные укрепления и размещены русские войска.
Первоначально поселение называлось Ахтиар, по имени бывшей на месте города крымскотатарской деревни Ак-Яр, пока 10 (21) февраля 1784 года Екатерина II своим указом повелела Г. А. Потемкину устроить на его месте большую крепость и назвать Севастополем.
Город строился на средства, полученные Потемкиным с новороссийских земель.
Административно Севастополь вошёл в состав Таврической области, образованной в составе Екатеринославского наместничества.
Название города состоит из двух греческих слов Σεβαστος (Себастос) — «высокочтимый, священный» и πολις (полис) — «город».
Себастос — эквивалент латинского титула «Август», поэтому Севастополь означает и «августейший город», «императорский город».
В литературе приводились и другие переводы, например, в Большой советской энциклопедии название переведено как «величественный город», «город славы».
В 1797 году император Павел переименовал его в Ахтиар.
В 1826 году сенатским указом городу было возвращено прежнее, греческое имя — Севастополь.
Реализацию первоначальной схемы строительства города взял на себя Ф. Ф. Ушаков, назначенный в 1788 году командующим портом и Севастопольской эскадрой. Он построил много домов, казармы, госпиталь, дороги, рынки, колодцы.

В 1802 году Севастополь вошёл в состав новообразованной Таврической губернии, а двумя годами позже объявлен главным военным портом Чёрного моря Российской империи.
В том же, 1804 году, был закрыт коммерческий порт, правда, он был открыт в 1808 году, но снова закрыт в 1809 году до 1820 года, когда в городе открылся порт для внутрироссийской торговли.
Международного же торгового порта в Севастополе не было до 1867 года. Город был военным, работающим на флот. В 1822 году из 25-тысячного населения Севастополя менее 500 человек были штатские.
Но не только с военным делом связан начальный период истории города, так, в 1827 году начаты археологические раскопки Херсонеса Таврического, древнейшего поселения в черте Севастополя.