В 1804 – 1807 годах было построено новое здание на Фонтанке (сейчас здесь находится филиал Публичной библиотеки). Пансион оплачивали родители девочек или состоятельные покровители. Осиротевшие дворянки учились за казенный счет. В младшие классы (7-й и 6-й) принимали в возрасте от 10 до 13 лет. Для поступления требовалось знание основных молитв – «Отче наш», «Богородица Дево» и других, умение читать и списывать с книги на русском и французском языках, складывать и вычитать в пределах ста. Пансионерки носили короткие стрижки и форму – зеленое камлотовое платье с белыми манжетами, пелериной и фартуком из полотна. Подъем был в шесть утра. Классная дама ежедневно внимательно следила за тем, чтобы у девочек была аккуратно уложена прическа, были чистыми передник и платье. Потом шли уроки, полдник, хождение в гости к «смолянкам» и «патриоткам» – в Смольный и Патриотический институты, организовывались танцы. Первая покровительница института, супруга Павла I императрица Мария Федоровна, считала, что из воспитанниц необходимо готовить «добрых и полезных матерей семейств». Позже институт стал давать желающим и профессию – гувернанток и домашних учительниц. Наиболее известными выпускницами Екатерининского института были Александра Смирнова-Россет – знаменитая современница Пушкина, а также София Панина, прославившаяся на всю Россию как основательница Народного дома. После установления в стране советской власти Екатерининский институт был закрыт, а в его здании сначала размещался склад, потом школа. Во время Великой Отечественной войны здесь расположился госпиталь, а в послевоенные годы оно было передано в ведение Российской Национальной Библиотеки.