Советско-монгольский экипаж полностью выполнил научную программу, включавшую 25 экспериментов. Наиболее обширен был комплекс медико-биологических работ, в которых было продолжено изучение периода адаптации к невесомости:
• эксперимент «Биоритм» — с помощью электротермометра и счётчика частоты сердечных сокращений изучались особенности суточных ритмов человека в острый период адаптации;
• эксперимент «Чацаргана» — исследовались оптимизирующее влияние препарата из облепихи на обмен веществ у человека;
• эксперимент «Нептун» — изучалась разрешающая способность глаза и глубинное зрение (способность определять глубину охвата предмета) при различных уровнях освещённости;
• эксперимент «Воротник» — изучалось влияние факторов космического полёта на развитие болезни движения (болевые ощущения при движении рукой, головой и пр.).
Повторно были выполнены эксперименты «Опрос», «Анкета», «Кровообращение», «Время», «Работоспособность», «Восприятие», «Досуг».

На советской электронагревательной установке «Сплав» с программным управлением проводилось два технологических эксперимента «Алтай»: в одном исследовались процессы диффузии и массопереноса в расплаве металлов (на примере свинца и олова) и влияние на эти процессы конвективных потоков, возникающих в градиентном температурном поле; в другом выращивались монокристаллы пятиокиси ванадия в условия микрогравитации. V2O5 является полупроводником и используется для изготовления термисторов, а также служит катализатором при получении органических соединений. Структура, электрические и оптические свойства кристаллов, полученных в наземных устройствах, изучены довольно подробно. Предполагается, что кристаллы V2O5, выращенные в условиях микрогравитации и отсутствия конвекции, будут обладать более совершенной структурой.
С помощью специального устройства проводился технологический эксперимент «Эрдэнэт» по исследованию процессов диффузии и перераспределения примесей при растворении в воде и последующей кристаллизации сернокислой соли меди.

Был проведён цикл физико-технических и геофизических исследований атмосферы. Это эксперимент «Горизонт — Терминатор» (определение оптических характеристик атмосферы в районе терминатора), «Контраст» (исследование зависимости характеристик атмосферы от степени загрязнения), «Атмосфера» (отработка методики определения передаточной функции атмосферы), «Улан-Батор» (изучение оптических свойств атмосферы над городами и промышленными центрами), «Солонго» (изучение спектров отражения природных объектов с целью составления их спектрального каталога). Эти эксперименты проводились с помощью болгарского прибора «Спектр-15», а также фотоаппаратуры МКФ-6М (ГДР) и КАТЭ-140 (СССР).

В эксперименте «Излучение» космонавты с помощью диэлектрических детекторов исследовали интенсивность ядерной компоненты космических лучей в области малых энергий, а эксперимент «Голограмма» заключался в получении с помощью голографических установок «Свет» (Республика Куба) и «Фуло» (СССР) голограммы физического процесса влияния канала связи на качество изображения голограмм, передаваемых по телевидению на Землю.
Особый интерес для Монголии, как аграрно-индустриальной страны представляли эксперименты «Биосфера-Мон» и «Эрдэм», в которых космонавты проводили наблюдения и съемки отдельных участков территории Монголии в интересах различных отраслей народного хозяйства. Полученная информация позволит исследовать особо сейсмичные зоны с целью прогноза сейсмичности основной территории МНР, изучать кольцевые структуры, рифтовые зоны, ледниковые горные системы, естественные пастбища, определять границы сухостепей и полупустынной зон и другие геолого-географические характеристики, имеющие огромное значение для народного хозяйства.
Помимо выполнения научной программы полёта, космонавты ежедневно проводили телевизионные репортажи с борта станции. Состоялась традиционная бортовая пресс-конференция, в ходе которой космонавты ответили на вопросы корреспондентов, аккредитованных в Центре управления полётом.
На орбите продолжало работать «космическое» отделение связи: двумя специальными штемпелями — советским и монгольским — были погашены конверты, предназначенные для экспонирования в музеях СССР и МНР. Четыре космонавта подписали свидетельство Международной авиационной федерации о выполнении полёта советско-монгольского экипажа.
30 марта 1981 в 11:15 мск. «Союз-39» отстыковался от станции и в 14:42:00 мск спускаемый аппарат приземлился в 170 км юго-восточнее Джезказгана.
Длительность полёта 7 суток 20 часов 43 мин.
Количество витков 124.
Пройденное расстояние 5,226 млн. км.