А в 1:30 судно исчезло со всех радаров, предварительно успев подать сигнал бедствия. Утром эстонские телеканалы передали на всю страну о катастрофе на пароме «Эстония». Пострадавших очень много.

В свой последний рейс паром без каких либо повреждений прошел до одиннадцати вечера 350 км маршрута. Несмотря на усиливающийся шторм и сильное раскачивание судна, экипаж спокойно работал по обычному расписанию. Пассажиры заканчивали трапезу и ложились спать. Приблизительно в полночь «Эстония» поравнялась с «Мариэллой», которая следовала встречным курсом. На борту «Мариэллы» обратили внимание на слишком высокую скорость встречного парома, но сам по себе этот факт угрозы для целостности "Эстонии" не нес.
Всего через полтора часа «Эстония» подала сигнал бедствия. В сообщении говорилось, что паром опасно накренился, началась эвакуация.

К месту катастрофы кроме «Мариэллы» подошли еще несколько пассажирских судов, шедших по линии Хельсинки – Стокгольм. Страшная картина открылась морякам, пришедшим на помощь тонущей «Эстонии». На поверхности бушующего моря с трудом удерживались на плаву сотни полуодетых и до смерти перепуганных людей. Несмотря на все старания экипажей, спасти в шторм удалось далеко не всех, так как пассажирские паромы не предусмотрены для масштабных операций по спасению из воды, тем более в экстремальных для них самих условиях. К трем часам ночи к месту аварии финские и шведские власти прислали военные и спасательные вертолеты. Они смогли вытащить часть тех людей, которых не смогли достать моряки с паромов. Но не для всех спастись из бушующего моря означало выжить. Многие погибли на борту паромов или вертолетов от холода. Всего выжило 137 человек. Последних спасенных пассажиров извлекли из моря в девять утра следующего дня. Признано официально погибшими на пароме "Эстония" 95 человек, а 757 до сих пор остаются пропавшими без вести.

Выжившие с парома "Эстония" изначально доставлялись в больницу на ближайшем острове, где они находились не больше суток, а затем переправлялись на родину после оказания необходимой помощи. Но никто из спасенных не радовался. Никто не смог выжить семьей. Среди уцелевших не было ни матерей с детьми, ни мужа с женой, ни брата и сестры, ни друзей, ни даже коллег. Далее спасатели доставляли погибших. В основном это были женщины и дети. Крепким мужчинам выжить позволила только физическая сила и молодость.
Списки оставшихся в живых пассажиров и членов экипажа корректировались постоянно, а уже найденные люди вновь пропадали. Так, например, второй капитан парома "Эстония" Аво Пихт после появления в списке выживших снова пропал. В подобной обстановке могло быть всякое. Однако существует видеозапись прибытия выживших в порт. На ней человек, внешне крайне напоминающий Пихта, садится в карету скорой помощи. Куда он пропал после? До сих пор это остается тайной. И такой случай не единичный. Насчитано до десятка членов экипажа парома, которые вновь пропали после появления в списках спасенных.

После Второй мировой войны гибель парома «Эстония» стала наиболее масштабным кораблекрушением во всей Европе. Но как такое могло случиться? Эксперты из Эстонии, Финляндии и Швеции заявляют, что виной всему стал бортовой визор. Это открывающаяся надводная часть судна в носовой части, предназначение которой - погрузка машин и иных масштабных грузов. Так вот, по мнению официальной комиссии, требования к основным характеристикам безопасности и надежности носового визора не отвечали современным стандартам из-за относительной старости корабля. В условиях больших волн и высокой скорости движения парома визор поддался натиску накатывающих с огромной силой волн и сорвался. После его срыва волны захлестнули правый грузовой отсек. Вскоре такое повреждение вызвало прогрессирующий крен по правому борту. Команда слишком поздно осознала катастрофичность сложившейся ситуации. За полчаса громадный и казавшийся надежным паром «Эстония» пошел ко дну.

Когда комиссия огласила результаты своей проверки, все паромы такой же, как у «Эстонии», конструкции были отправлены на технические работы. Все передние визоры заваривались, дабы предотвратить возможные повторения трагедии.
Ответственность за катастрофу пала на немецких судостроителей. Те, в свою очередь, провели свою проверку, в результате которой доказали, что носовой визор «Эстонии» предназначен для выдерживания нагрузки во много раз большей, а его срыв в подобной ситуации мог быть вызван только взрывом. Однако каких либо доказательств присутствия факта взрыва предоставлено не было.

Помимо версии о виновности немецких строителей, есть еще ряд альтернативных вариантов развития событий. Большинство из этих версий связано с тем, что «Эстония» в день гибели перевозила неизвестный груз. Исследователи и очевидцы отмечают, что перед выходом на маршрут на борт судна заехало несколько больших груженых фур с неизвестным содержимым.
Наиболее популярная версия гласит, что «Эстония» служила транспортом для контрабандной перевозки наркотиков. Предполагается, что экипаж узнал о том, что в пункте назначения их ожидает наряд полиции. Команда решила избавиться от опасного груза и воспользовалась носовым визором. Фуры успешно отправились на морское дно, однако вернуть визор в закрытое положение так и не удалось, вода наполнила судно, оно накренилось и затонуло. У этой теории много противников, так как любой капитан должен понимать, что в штормовую погоду открыть визор – равносильно смерти, а шведская тюрьма комфортнее неприветливого балтийского дна.

Еще одна версия, связанная с незаконным грузом в трюмах «Эстонии», гласит, что на судне провозилось оружие СССР. В 2005 году шведские власти предоставили на публичное рассмотрение официальный отчет членов следственной комиссии, который исключал наличие какого-либо военного груза на палубе корабля в день его крушения.
Однако руководитель таможенной службы опосредованно выступил в защиту оружейной теории. По словам Свена Петера Олссона, таможенная служба и армия Швеции заключили договор, согласно которому транспорт с приобретенной у российской армии техникой не досматривался. Однако, сославшись на государственную тайну, Олссон отказался предоставить данные о масштабности компании по перевозке оружия. Также он заявил, что таможенная служба не имела данных о расположении оружия или техники на пароме «Эстония» 27 сентября.

Большое количество различных версий о причинах гибели парома «Эстония» неизбежно вело к необходимости создания второй комиссии. Это и сделали власти Эстонии спустя более 10 лет после катастрофы. Основные цели Комиссии предстояло ответить на шесть важных вопросов, которые касались разных версий происшествия. Нужно было представить доказательства в пользу или для опровержения того, что крепления для техники были повреждены взрывом. Была ли заснята во время первой проверки часть судна ниже ватерлинии во время водолазных работ? Была ли пленка достойного качества и возможно ли ее использование для установления причин нарушения целостности корпуса? Были ли противоречия в свидетельствах тех, кому удалось спастись? Имеются ли важные оценки профессионалов или рассказы очевидцев, которые по каким-либо причинам не были учтены первой совместной комиссией? Существуют ли доказательства того, что от предыдущей комиссии были намеренно скрыты какие-либо факты или исследовательские работы? Фиксировались ли в Эстонии, Финляндии, Швеции подобные катастрофы, которые попали под гриф секретности?

Ответы почти на все вопросы оказались утвердительными. Это заставило сомневаться в компетентности совместной комиссии, которая работала сразу после случившейся трагедии. Положительным оказался и ответ на вопрос о свидетельских показаниях. Суть различий сводилась к тому, что половина свидетелей рассказывали об одном громком ударе или взрыве, остальные утверждали, что перед крушением прозвучало два сильных взрыва. После рассмотрения всех свидетельств стало очевидно, что трактование показаний при первой проверке было ошибочным. Одновременно доклад второй комиссии утверждает, что не было обнаружено документов, которые относились бы к перевозкам российской техники. Равно, как и никто из действующих лиц государственного аппарата, бывших служащих либо других лиц не знал о транспортировке оружия посредством парома «Эстония».

Несмотря на то, что так много вопросов без ответов и судно остается на глубине всего 83 метров, паром «Эстония» не был поднят на поверхность. Навигационные карты нашего времени определяют следующие координаты теперешнего местонахождения «Эстонии» - 59°22′ с. ш. 21°40′ в. д. Более того, согласно международному соглашению, вокруг корабля был воздвигнут бетонный саркофаг, а воды вокруг объявлены запретной зоной. Такие действия властей стали основой для рождения еще одной радикальной версии крушения «Эстонии», адепты которой убеждены, что судно перевозило ядерное оружие. Эстония, Финляндия и Швеция заключили международное соглашение, которое запрещает проведение любого рода исследований в водах вокруг места гибели парома «Эстония» с 1995 года. Позже к данному договору присоединились многие европейские страны, в том числе Россия, Дания и Польша. Официальная причина таких действий властей – дань памяти погибшим.