С 1798 по 1800 год Ушаков командовал российским флотом в Средиземном море. Он являлся автором Конституции греческой Республики Семи Островов. В 1799 году произведён в адмиралы флота. В 1807 году Ушаков вышел в отставку и жил в своем имении в деревне Алексеевка (ныне Республика Мордовия). В годы жизни в имении он посвятил себя молитве и широкой благотворительной деятельности. Фёдор Фёдорович за свои выдающиеся заслуги перед Отечеством удостаивался Ордена Святого Владимира (1784 и 1788 годы), Ордена Святого Георгия (1788 и 1790), Ордена Святого Александра Невского (1791), Алмазных знаков Ордена Святого Александра Невского (1798). Кроме того, он награждён Орденом Святого Януария Королевства обеих Сицилий, высшей награды Османской империи «Челенг» и многих других орденов и медалей. Умер великий флотоводец Фёдор Фёдорович Ушаков (2) 14 октября 1817 года в своем имении в Алексеевке. Похоронен в Санаксарском монастыре близ города Темникова. 5 августа 2001 года Ушаков был канонизирован Русской православной Церковью (святой Саранской епархии). 6 октября 2004 года Архиерейский собор Русской православной церкви причислил Фёдора Ушакова к общецерковным святым в лике праведных – как праведный воин Феодор (Ушаков) Санаксарский. Память совершается 5 июня (Собор Ростовских святых), 5 августа и 15 октября.

Фёдор Ушаков почитается как святой покровитель российского военно-морского флота (с 2000 года) и стратегических военно-воздушных сил (с 2005 года). 5 августа 2006 года в городе Саранске открыт кафедральный собор святого праведного воина Феодора Ушакова. В 1943 году были учреждены орден Ушакова двух степеней и медаль Ушакова. Имя Ушакова носили и носят боевые корабли Военно-Морского Флота, в том числе атомный крейсер «Адмирал Ушаков». Его именем названы улицы и площади в городах, военно-морские учебные заведения, установлены памятники в разных городах, имя присвоено астероиду. Память об адмирале Ушакове чтут не только в России, но и в других странах - Греции, Украине, Болгарии.